现在有这么多强效药治疗HBV感染，使医师面临众多令其困感的选择。在口服药中，拉米夫定和替比夫定的耐药率较高，限制了其应用。现在替诺福韦获准后，可能取代阿德福韦。因此，在口服药中，恩替卡韦或替诺福韦用作一线治疗较适宜。

口服药是治疗失代偿慢性HBV感染和预防晚期肝纤维化和肝硬化病人肝脏失代偿的唯一选择。但对于未经治疗的代偿性病变病人，建议用聚乙二醇干扰素和口服药，现在的指南不认为孰优孰劣。是使用一个限定疗程的副作用大的聚乙二醇干扰素注射还是在多数病人中用耐受性好、疗程更长（有时是无限期的）的口服药治疗，对此仍有争议。